Die Höhe von 3 Metern beziehen sich auf den so genannten gewachsenen Boden oder den natürlichen Geländeverlauf. Also vom Boden bis zum höchsten Punkt auf dem Dach. Man spricht dabei auch vom First.
Sofern Du eine Grenzbebauung machst, würde ich das auf jeden Fall vorher abklären lassen, was das...