Kann es sein, dass die Stämme nicht richtig trocken waren, bzw. frisch?
Die meisten Holzschädlinge (also Pilze und Insekten) brauchen ja eine minimale Holzfeuchte, die im Innenraum normal nicht erreicht wird.
Wenn die Stämme natürlich frisch waren, brauchen sie Jahre zum Trocknen, v.a., weil ja die Rinde noch drauf ist, und unten auch nichts raus kann. In der Zeit kann da allerhand wachsen - die angesprochene Rotpustelkrankheit ist ja ein Pilz, aber auch Holzwürmer mögen sowas.
Bei Birkenholz außen hatte ich immer den Eindruck, dass das besonders pilzfreundlich ist. Die brauchen aber, wie erwähnt, Feuchtigkeit.